โรงเรียนวัดบางคูวัด ตั้งอยู่ที่เลขที่ 1 หมู่ที่ 7 ตำบลบางคูวัด อำเภอเมืองปทุมธานี จังหวัดปทุมธานี รงเรียนเริ่มก่อตั้งขึ้นที่วัดบางคูวัดกลาง เมื่อ ร.ศ. 118 ตรงกับ พ.ศ. 2442 ขึ้นตรงต่อมณฑลอยุธยา เรียกว่าโรงเรียนรัฐบาลมณฑล มีท่านพระคุณปัญญารัตน์ (ต๊ะ) เจ้าอาวาสผู้อุปการะโรงเรียน ท่านได้มอบหอสวดมนต์และจัดหาโต๊ะ ม้านั่ง ให้เป็นสถานที่เล่าเรียนมีครูประกาศนียบัตรของกระทรวงศึกษาธิการ เป็นผู้อบรมสั่งสอน
ต่อมาในปี พ.ศ. 2458 ได้เลิกล้มจากโรงเรียนมณฑลอยุธยาและตั้งใหม่เป็นโรงเรียนประชาบาล ประจำอำเภอเมืองปทุมธานี (ก่อนพระราชบัญญัติประถมศึกษา) นายอำเภอเมืองปทุมธานีแต่งตั้งให้ พระสมุห์ ทองก้อน ปทุมวงษ์ เป็นครูประจำชั้น และได้ย้ายสถานศึกษาจากหอสวดมนต์ ไปอยู่ที่ศาลาการเปรียญ มีนักเรียนประมาณ 50 คน และต่อมาได้เปลี่ยนเป็น โรงเรียนประชาบาลตามพระราชบัญญัติประถมศึกษา
วันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2466 ได้ตั้งชื่อโรงเรียนอีกครั้งหนึ่งว่า โรงเรียนประชาบาล ตำบลบางคูวัด 1 มีนักเรียนประมาณ 120 คน มีพระสมุห์ ทองก้อน ปทุมวงษ์ เป็นครูใหญ่
วันที่ 11 สิงหาคม 2477 ได้แต่งตั้ง นายเล็ก สงวนศิษย์ เป็นครูใหญ่ การศึกษาเจริญขึ้นมีนักเรียนมากขึ้นตามลำดับ
พ.ศ. 2494 พระราชธรรมนิเทศ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดปทุมธานี ได้รับงบประมาณปลูกสร้างอาคารเรียน เป็นเงิน 25,000 บาท ได้ย้ายสถานศึกษา จากวัดบางคูวัดกลาง มาก่อสร้างที่วัดบางคูวัดใน เนื่องจากพระยาอธิการฉ่ำ นนทโย เจ้าอาวาสได้ยกกรรมสิทธิ์ที่ดินให้ปลูกสร้างในโรงเรียน จำนวน 2 ไร่ 3 งาน 78 ตารางวา ลงมือก่อสร้างในวันที่ 11 ตุลาคม 2,494 โดยคณะกรรมการประชาชน และศิษย์เก่าร่วมสมทบทุน สร้างอีก จำนวน 7,119.50 บาท สร้างเป็นอาคารแบบ ป.1 ข เป็นไม้อาคารชั้นเดียว หลังคามุงกระเบื้อง ยังไม่มีฝา ประตู หน้าต่าง และฝ้าเพดาน สร้างเสร็จตามที่มีงบประมาณ เมื่อวันที่ 10 มิถุนายน พ.ศ. 2495
วันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2496 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ 6,350 บาท จึงต่อเติมฝาไม่ยางและติดตั้งวงกบประตูโดยรอบ ทำเสร็จประมาณ วันที่ 22 กันยายน พ.ศ. 2496 ต่อมาการศึกษาเจริญขึ้น จำนวนครูเพิ่มขึ้น ได้ปลูกสร้างอาคารเรียนเพิ่มขึ้น ทั้งใช้เงินงบประมาณและเงินบริจาค
พ.ศ. 2506 ขยายการศึกษาภาคบังคับชั้นประถมศึกษาปีที่ 7 เป็นปีแรกของอำเภอเมืองปทุมธานี
พ.ศ. 2535 โรงงานสุราบางยี่ขัน 2 ได้บริจาคอาคารเรียน 1 หลัง และได้รับอนุญาตให้เปิดโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา เปิดเรียน ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 เป็นปีแรก ในปีการศึกษา 2536 เปิดชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 2 และในปีการศึกษา 2537 เปิดชั้นเรียนมัธยมศึกษาปีที่ 3 ในปีการศึกษา 2536 โรงเรียนได้รับการสนับสนุนจากสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดปทุมธานี และสำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเมืองปทุมธานี อนุญาตให้ก่อตั้งศูนย์คอมพิวเตอร์เพื่อการศึกษา โดยได้รับความร่วมมือจากท่านพระครูสุธรรมาภิรัติ ท่านเจ้าอาวาสผู้อุปการะโรงเรียน คณะกรรมการโรงเรียน คณะครู โรงงาน บริษัทห้างร้านและประชาชนตำบลบางคูวัด บริจาคทรัพย์ก่อสร้างศูนย์คอมพิวเตอร์ เพื่อการศึกษาขึ้นจนสำเร็จเรียบร้อย โดยเปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 ตั้งแต่เดือนมิถุนายน เป็นต้นมา
ในปีการศึกษา 2542 เนื่องจากอาจารย์เพ็ญพรรณ กัลยาณมิตร เกษียณอายุราชการได้ร่วมกับพันเอกชาญ กัลยาณมิตร ทอดผ้าป่าหาเงินสร้างอาคารหอสมุด กัลยาณมิตร – บางคูวัด
ในปีการศึกษา 2546 โรงเรียนได้รับบริจาคอาคารเรียน 1 หลัง 6 ห้องเรียน จากคุณสมชาย คุณสุชาดา ไทยผดุงพานิช
วันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ.2548 สร้างอาคารเรียน แบบ สปช 2/2528 งบประมาณ อบต.บางคูวัด 2,150,000 บาท และบริจาค รวมเป็นเงิน 3,919,500 บาท
วันที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2555 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จเยี่ยมโรงเรียน เป็นการส่วนพระองค์ เพื่อช่วยเหลือโรงเรียนที่ได้รับผลกระทบจากอุทกภัย ตั้งแต่เดือนตุลาคม – ธันวาคม พ.ศ.2554